Vaqif Axundov 1950-ci il sentyabrın 16-da Astarada anadan olub. 1968-1972-ci illərdə lərdə Azərbaycan Neft və Kimya İnstitutunda, 1989-1994-cü illərdə Bakı Dövlət Universitetində, 1999-2002-ci illərdə isə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Dövlət İdarəçilik Akademiyasında təhsil alıb. İxtisasca iqtisadçı-mühəndis, hüquqşünasdır.
Əmək fəaliyyətinə 1971-ci ildə Kuybışev şəhərində qazma-balta zavodunda tornaçı kimi başlayıb. 1972-1975-ci illərdə Sovet Ordusu sıralarında zabit kimi hərbi xidmətdə olmuşdur. Hərbi xidmətdən qayıtdıqdan sonra Bakıda leytenant Şmidt adına Maşınqayırma Zavodunda normalaşdırıcı, böyük mühəndis, iqtisadçı işləyib.
1975-ci ildə Azərbaycan Daxili İşlər Nazirliyində növbətçi hissə üzrə növbətçi köməkçisi, 1975-1978-ci illərdə Bakı şəhər Daxili İşlər İdarəsində komsomol komitəsinin katibi, 1978-1991-ci illərdə DİN-də şöbə rəisinin müavini, şöbə rəisi işləyib.
1992-1993-cü illərdə Azərbaycan Ali Dövlət Hakimiyyəti və İdarəetmə Orqanları Mühafizə İdarəsinin rəisi, 1993-cü ildən isə Ali Dövlət Hakimiyyəti və İdarəetmə Orqanları Baş Mühafizə İdarəsinin rəisi vəzifələrində çalışıb.
2 iyun 2003-cü ildən Azərbaycan Respublikası Xüsusi Dövlət Mühafizə Xidmətinin rəisidir.
Azərbaycan SSR Ali Sovetini Rəyasət Heyətinin Fəxri Fərmanı, "Azərbaycan Bayrağı" ordeni və medallarla təltif edilib. 2018-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin sərəncamı ilə Vətənə xidmətə görə 1-ci dərəcəli ordenlə təltif olunub.
Ailəlidir, 1 övladı var.
